Outils

Listes et liens vers les logiciels et développements :

  • miRabel : Prédiction de cibles de microARN
  • HExoSplice : effet des variations sur les sites d’épissage
  • Package R SMM : Simulation and Estimation of Multi-State Discrete-Time Semi-Markov and Markov Models
  • HG-CoLoR : correction hybride de données de séquençage de troisième génération
  • ELECTOR : évaluation des méthodes de correction de données de séquençage de troisième génération
  • CONSENT : auto-correction de données de séquençage de troisième générationanalyse de profil d’expression génique des tumeurs par RT-MLPA (reverse transcriptase multiplex ligation-dependant probe amplification)
  • UMI-VarCal : appel de variants de basse fréquence gérant les UMI
  • UMI-Gen : générateurs de reads avec UMI
  • dsbwt : Efficient pattern matching in degenerate strings with the Burrows-Wheeler transform
  • SMART : String Matching Algorithms Research Tool