Notre équipe

L’équipe Traitement de l’Information en Biologie Santé (TIBS) est une des équipes du Laboratoire d’Informatique, du Traitement de l’Information et des Systèmes (LITIS, EA 4108). Elle est composée de 14 membres. Le responsable d’équipe est Thierry Lecroq.

Objectifs

Rechercher, indexer et extraire des informations pertinentes dans : des données biologiques (génomes et expression des génomes) ; des systèmes d’information en santé (terminologies de santé, dossier électronique du patient).

Approches

  • structures d’indexation (variations de la transformée de Burrows-Wheeler)
  • alignement d’ontologies
  • algorithmes de recherche de motifs et de recherche d’information (recherche classique, périodes abéliennes, recherche d’arbres cartésiens)
  • correction de données de séquençage de troisième génération
  • représentation des connaissances (visualisation et classification)l’extraction de connaissances à partir de textes
  • accès sémantique aux données

Applications

  • Biologie (séquences génomiques)
  • Santé (données textuelles non structurées)

Pour les collaborations, voir la page :

Nos partenaires

Collaborations Internationales King’s College London (UK), algorithmique du texte Université de Catane (Italie), algorithmique du texte Université de Palerme (Italie), algorithmique du texte Université Nationale de Seoul (Corée du Sud), algorithmique du texte Collaborations nationales LIMICS, informatique médicale CRIStAL (équipe BONSAI), algorithmique du texte, bioinformatique IRISA (équipe GenScale), algorithmique du texte, bioinformatique LIRMM (équipe MAB), …